国家医学教育发展中心是1989年6月19日由卫生部科教司根据北京医科大学和中山医科大学《关于筹建国家医学教育发展中心的报告》批复成立。国家医学教育发展中心首任主任是中国老一辈医学教育家、原北京医科大学校长马旭教授。是中国医学教育家、中国高等教育学会医学教育专业委员会名誉会长、中华医学会医学教育分会名誉主任委员、《中国高等医学教育》杂志名誉主编王镭教授。
中心成立之初，在世行贷款卫生项目的支持下，为中国医学教育界培养了首届两期医学教育管理研究班;现在这些学员多数都已在领导岗位上，为中国医改、教改发挥自己的力量。
在中心宗旨和任务方面，国家医学教育发展中心仍对国家的医学教育发展方针、政策及医药院校的发展建设进行宏观研究，并向主管部门提出各种意见和建议;对医药院校的办学方针、专业设置、学科建设、教学改革及教学质量评估进行具体研究并提出各种意见和建议;适应和深化医学教育改革、创新，面向全国培养高等医学教育人才、医学学科带头人、教育管理干部和科研人员，提高中国医学科研、教育的素质和水平，推动中国医学教育及卫生事业的改革与发展，促进中国医、教、研模式的完善和创新;组织医学教育研究的国内外学术交流，各级医学教育管理干部、教师和研究人员的培训等等。
